Tiền thân của Trường Đại học Nha Trang là Khoa Thủy sản được thành lập ngày 01/8/1959 tại Học viện Nông lâm Hà Nội (nay là Trường Đại học Nông nghiêp ở Hà Nội).

Ngày 16/8/1966, theo quyết định số 155-CP của Thủ tướng Chính phủ, Khoa Thủy sản được tách thành Trường Thủy sản.

Ngày 4/10/1976, Trường chuyển trụ sở từ Hải Phòng vào Nha Trang và được lấy tên là Trường Đại học Hải sản.

Tháng 8/1981, trường được đổi tên thành Trường Đại học Thủy sản.[4]

Ngày 25/7/2006, theo quyết định số 172/2006/QĐ-TTg của Thủ tướng Chính phủ, Trường đổi tên thành Trường Đại học Nha Trang.

Tính đến tháng 4/2018 toàn trường có 617 cán bộ, trong đó có 472 giảng viên,[5] trong số đó có 21 phó giáo sư, 116 tiến sĩ, 313 thạc sĩ; ngoài ra còn có gần 100 cán bộ đang học cao học và nghiên cứu sinh trong, ngoài nước.

Trong xu thế phát triển chung, những năm qua, Trường Đại học Nha Trang đã nhanh chóng nắm bắt nhu cầu đào tạo nhân lực của xã hội, từ đó có những bước đi phù hợp. Từ một trường Đại học chuyên ngành thủy sản với số lượng vài ngàn sinh viên, đến nay trường đã trở thành trường Đại học đa ngành với trên 32.000 sinh viên theo học, trong đó có hơn 1.000 học viên cao học và 62 nghiên cứu sinh.[6]